公園内の箱根山では深夜になると人が泣き叫ぶ声が響き渡る噂があり、旧陸軍施設跡がいたるところに残されている。

写真を撮ると高確率で霊や謎の発光体が写る。公園の敷地内の公衆トイレでは首吊り自殺した男性の霊が出ると言われている。

戸山公園・箱根山、隣接する国立感染症研究所周辺は関東軍第７３１部隊による人体実験の犠牲者が多数埋められていて竹下内閣時代にこの周辺を掘り返し数百体の人骨を回収している。

東京都新宿区戸山