この敷地内で、1989年（昭和64年）7月22日100体以上に上る大量の人骨が発掘され、今なお更に多くが埋もれているとされている。

国立感染症研究所内でも、様々な心霊現象が目撃されているという。

100体以上の人骨が発掘

1989年07月22日
軍医学校跡地において厚生省国立予防衛生研究所 (現国立感染症研究所) 建設工事の際、同地から約100体に上るモンゴイド系人骨が発掘された。

人骨には、銃の傷跡のある遺体や切り傷のある遺体が複数あったため、「細菌戦のための731部隊による生体実験の犠牲者ではないか」などの疑惑が出た。

このため、1993年9月に遺骨の調査・研究を目的に、火葬・納骨の費用を支出しないよう求めた住民訴訟が提訴された。2000年12月に住民敗訴の最高裁判決が確定し、これをうけ2001年6月、厚生労働省は「大量人骨は、戦場に遺棄された戦死体からの研究用標本」と結論付け、新たにつくる納骨堂に納める方針を固めた。

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